Türkiye’nin ilk Eczacılık Tarihi Müzesi olan müzemiz 1960 yılında Prof.Dr. Turhan Baytop tarafından kurulmuştur. Müzenin çekirdeğini T.Baytop’un kişisel koleksiyonu oluşturmuş, daha sonra eczacıların ve hekimlerin bağışladığı eşyalar ile müze zenginleşmiştir. 1962 yılında Topkapı sarayı Müze müdürü Hayrullah örs Hekimbaşı odasındaki bir takım malzemeyi, eczacılık müzesini geliştirmek amacıyla bu müzeye devretmiştir.

1999 İstanbul depreminde hasar gören Eczacılık Fakültesi binaları güçlendirme için boşaltılırken, müzenin eşyaları Prof.Dr. Afife Mat tarafından  arşiv binasında koruma altına alınmıştır.

Eczacılık Fakültesi tarihi binası Keçecizade Fuat Paşa Konağının restorasyon çalışmalarının 2010 yılında tamamlanmasından sonra  birinci katta Dekanlık yanındaki iki salon müze için ayrılmış ve müzenin eşyaları yeni mekana yerleştirilmiştir. 

Türkiye’de eczanelerin, eczacılık eğitiminin ve ilaç endüstrisinin tarihine ışık tutan  kaynaklar içeren koleksiyonun korunması, gelecek nesillere kalabilmesi ve meslek tarihimiz ile ilgili araştırmalara olanak sağlaması amacıyla “İhtisas Müzesi” olarak tescil edilmek üzere Kültür Bakanlığına Rektörlüğümüz tarafından yapılan başvuru 29.10.2017 tarihinde onaylanmıştır.

Topkapı Sarayı Müzesi Enderun Eczahanesine ait şiddetli zehirler dolabı, ayrı bulundurulacak ilaçlar dolabı, porselen ilaç kavanozları, cam ilaç şişeleri, drog kutuları, bu koleksiyonda sergilenmektedir.

Osmanlı dönemine ait iki eczanenin, Pastör Eczahanesi ve İstikamet Eczahanesi, dolapları, çeşitli eczanelere ait porselen ilaç kavanozları, ilaç yapımında kullanılan malzeme ve reçete kayıt defterleri ülkemizde eczanelerin gelişimi hakkında fikir vermektedir.

1839 yılında başlayan eczacılık eğitiminin çeşitli dönemlerine ait diplomalar, diploma kayıt defterleri, mezunların fotoğrafları, tabelalar bu koleksiyonda yer almaktadır. Osmanlıca, Türkçe, İngilizce, Fransızca, Almanca ve İtalyanca çok sayıda eczacılık ve tıp kitabı içinde en eskisi 1734 tarihlidir.

Türkiye’de ilaç endüstrisinin tarihini de bu koleksiyonda izlemek mümkündür. Osmanlı döneminden günümüze yerli ve yabancı 1500’den fazla müstahzar firmalara göre gruplandırılmış olarak sergilenmektedir.

Sağlık tarihi alanında araştırma yapanlar ve konuyla ilgili sağlık mesleği mensupları müzeyi randevu ile gezebilirler.

Müzenin resmi açılışı 27 Şubat 2018 tarihinde gerçekleştirilmiştir.